富营养化湖泊的治理和湖泊生态系统修复的实践，其主要特征是首先对受污染的湖泊进行治污，对湖泊流域的污水进行截污并统一进行处理，达标后排放到河湖内，过去对富营养化湖泊的治理过程存在一些误区。
首先在认识上对湖泊富营养化治理的复杂性和长期性缺乏足够的认知与前车之鉴，结果投入了大量人力、物力和财力对湖泊富营养化进行治理，结果湖泊富营养化反而越来越严重我们必须对湖泊富营养化的治理过程有一个正确的认识，也借鉴国际好经验，系统、全面考虑和规划湖泊富营养化的治理过程，在流域全面截污、高强度治污的基础上，对湖泊生态系统的修复进行人工修复，科学地进行健康湖泊生态系统的修复。
为了加速已被破坏的水生态系统的修复，除了依靠水生态系统本身的自适应，自组织，自调节能力来恢复水生态系统原来的规律外，还应大幅度地借助人工措施为水生态系统的健康运转服务，加快修复被破坏的生态系统。